Сносим старую версию MySQL и все сопоставимые пакеты (перед тем заблаговременно забекапив все БД)

rpm -qa |grep -i mysql

Ну и по порядку удаляем каждый пакет через rpm -e

1. Качаем пакет *.src.rpm, тот который больше нравится отсюда http://httpupdate.cpanel.net/mysqlinstall/ в /usr/local/src/
Установка будет производится по умолчанию в /var/lib/mysql
2. Создаем директории

mkdir /usr/src/redhat/{SRPMS,BUILD,RPMS}

3. Ставим пакет

rpm -ivh /usr/local/src/*.src.rpm


4. Переходим в директорию

cd /usr/src/redhat/

там должна появиться папочка SPECS/ а в ней файлик mysql.spec
5. Меняем опции конфигурации в mysql.spec, добавляем(к примеру) —with-max-indexes=128 в обе секции для debug и release версий
6. Проверяем синтаксис файла

rpmbuild -bp SPECS/mysql.spec

(rpmbuild можно доустановить командой — «yum install rpm-build«), если синтаксис корректный, то конечная команда — «exit 0»
После этого запускаєм

rpmbuild -bs SPECS/mysql.spec

в результате система должна сделать файл наподобие MySQL-версия.glibc23.src.rpm в /usr/src/redhat/SRPMS
7. Собираем RPM

rpmbuild --rebuild SRPMS/MySQL-версия.glibc23.src.rpm

8. Как только все собралось, переходим в директорию и ставим все пакеты

cd /usr/src/redhat/RPMS/

9. Также нужно создать файлик /etc/mysqlupdisable , чтобы при обновлении панели не обновлялся mysql
10. Проверить опции сборки mysql

cat `whereis mysqlbug | awk '{print $2}'` | grep 'CONFIGURE_LINE='