С самого начала на сервер нужно установить несколько перловых модулей

/scripts/realperlinstaller --force Getopt::Long
/scripts/realperlinstaller --force DBI
/scripts/realperlinstaller --force DBD::mysql
/scripts/realperlinstaller --force Term::ReadKey


Теперь качаем mytop с http://jeremy.zawodny.com/mysql/mytop/

cd /usr/local/src/
wget http://jeremy.zawodny.com/mysql/mytop/mytop-1.6.tar.gz
tar zxpfv mytop-1.6.tar.gz
cd mytop-1.6
perl Makefile.PL
make
make install

Если при запуске mytop Вам выдает ошибку

Error in option spec: "long|!"

нужно отредактировать установочный файл mytop

cd /usr/local/src/
vi mytop

коментируем или удаляем строку

“long|!”              => \$config{long_nums},

ну и далее по накатаной схеме

make
make install

Все, теперь запускаем и смотрим

mytop -d mysql

Если же Вы хотите использовать просто команду mytop тогда делаем следующее:
Ищем куда установлен mytop

which mytop

у меня здесь /usr/local/bin/mytop
Открываем каким либо редактором

vi /usr/local/bin/mytop

меняем строку

    db            => 'test',

на

   db            => 'mysql,

сохраняем, и все. Запускем

mytop